Título: Desde dentro. Terminamos el capítulo anterior con el secuestro de Olivia por los hombres de Jones. En este capítulo y en vez de la habitual presentación del caso, vemos que le ha pasado a Olivia. Inquietante la escena en la que Olivia es inmovilizada en una camilla y colocada boca abajo para meterle una inyección en medio de la columna vertebral, ¿una punción lumbar?. Esta misma imagen la veremos en el capítulo 7 de la 3ª temporada, en otras circunstancias que no desvelaremos todavía. Tras la careta del hombre que se dirije a Olivia en el laboratorio está el topo en el FBI Mitchel Loeb. El FBI se pone en alerta para encontrar a su valiosa agente. Olivia logra escaparse tras dar los oportunos golpes a sus vigilantes. Coge unas muestras del citado laboratorio y las entierra en un lugar próximo. Llama a Broyles y al poco tiempo se acercan unos agentes que tras inmovilizarla detienen. Pero ¿que es esto, que pasa?, nos preguntamos.
Cuando despierta ve a un tipo, un tal Sanford Harris, un alto cargo al que hace tiempo Olivia sentó en el banquillo por una presunta agresión sexual. Al parecer le han encargado que investigue a la División Fringe. El tal Harris le comunica a Olivia que no es apta para investigar su propio secuestro, parece guardarle un profundo rencor y la califica de traidora y en relación a sus compañeros, Harris califica a Walter de lunático, juzgado por homicidio involuntario y responsable de haber experimentado con seres humanos, y a su hijo, Peter de delincuente, por haber sido arrestado en siete ocasiones. Por supuesto, el edificio donde estaba secuestrada Olivia estaba vacio. Ni rastro de sus captores. Además del nuevo villano, ¡qué personaje más odioso el tal Harris!, conocemos a la hermana de Olivia, Rachel, y a su sobrina, Ella. Con ellas conoceremos la vertiente más familiar e intima de Olivia.
Este capítulo rompe con la tónica habitual de caso planteado en 5 minutos y resolución en los 40 restantes. Tras 15 minutos comienza la intro y la presentación del caso de la semana, un caso particularmente desagradable. Un profesor universitario está dando una conferencia sobre biología que se ve interrumpida en el momento en que una especie de babosa gigante con pinchos le sale de la boca y que más tarde descubrirá Walter se trata de un organismo unicelular gigante fruto de una mutación del virus de la gripe común.